Локальная работа с Deeplabcut

Создание локального проекта

Начнем работу!

Скачайте видео и распакуйте архив. Эти видео взяты из открытого датасета:
Lukas M. von Ziegler, Fabienne K. Roessler, Oliver Sturman, & Johannes Bohacek. (2023). Raw video and pose estimation data of top view open field mouse behavior recordings of acute and chronic stress models [Data set]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.8186065

Первый шаг — создание проекта.

  1. Запустите Anaconda Prompt от имени администратора, активируйте созданное ранее виртуальное окружение и запустите DLC: 
    conda activate deeplabcut_no_cuda
python -m deeplabcut
  2. В интерфейсе DLC нажмите кнопку Create New Project.
  3. В появившемся окне заполните необходимые поля:
    • название проекта;
    • имя исследователя;
    • дата создания проекта появится автоматически;
    • укажите путь, по которому будет находиться папка с вашим проектом (в нашем случае это было просто D:\DLC_example. Название вложенной папки с проектом появится автоматически).
Важно!

Не используйте длинные названия, кириллицу и пробелы — по нашему опыту, иногда это приводит к неочевидным ошибкам в работе программы, которые бывает не очень просто диагностировать.

  1. В окне Bodyparts to track поочередно введите части тела, которые нужно будет отслеживать. В нашем учебном примере мы используем: nose, left_ear, right_ear, center, tail_base.
  2. Нажмите кнопку Browse for videos и выберите папку с видео, которые вы скачали ранее. Видео могут не отображаться в окне выбора папки — это ожидаемое поведение. Но после выбора они появятся в окне создания проекта в DLC.
  3. Проставьте галочку Copy videos to project folder.

В итоге должно получиться примерно следующее:

  1. Жмем кнопку Create, после непродолжительного ожидания появится сообщение New project created.
Примечание

Можно создавать сколько угодно проектов в одном и том же виртуальном окружении

×